Feliz Deserto era originalmente um aldeamento de ndios caets. Foi colonizada a partir do naufrgio e estabelecimento de Domingos Mendes, que lhe deu o topnimo por achar que, mesmo sendo o lugar deserto, representava a felicidade de ter sido encontrado. Desmembrado de Piaabuu, o municpio adquiriu autonomia em 23 de julho de 1960. 541z3u

A histria recente de Feliz Deserto marcada por uma tragdia ocorrida no ms de abril de 2005. A cidade foi castigada por um temporal que durou dois dias, alagando completamente toda a rea central. A chuva destruiu aproximadamente 300 casas de taipa, deixando desabrigados quase 1500 pessoas. A prefeitura, atravs de doaes, conseguiu abrigar provisoriamente a populao em diversos pontos da cidade. A reconstruo da cidade comeou em dezembro de 2005 e, em julho de 2006, a prefeitura entregou as 185 casas a populao.