Praa principal - Foto: Tatiana Azeviche - Setur-Ba (Licena CC-BY-SA-30)

Seus primeiros habitantes foram os ndios Tupinambs que a chamavam de Cururupeba (sapo mido e nome de um chefe indgena Tupinamb). Foi palco de grandes invases estrangeiras e, a partir de 1534, pertenceu Sesmaria de Mem de S, terceiro Governador Geral do Brasil, e, posteriormente, doada aos jesutas. 29615i

Com a expulso dos jesutas do Brasil, a ilha ou a pertencer Coroa com a denominao de Freguesia de Madre de Deus do Boqueiro. Em 1584 foi arrendada a lavradores e ou a chamar-se Ilha de Madre de Deus. Durante a colonizao tornou-se ponto de apoio s embarcaes, pois estava na metade do caminho entre as usinas de acar e a capital. No incio deste sculo foi ponto de veraneio da classe mdia de Salvador at o surgimento da atividade petrolfera na dcada de 50, que mudou o perfil do municpio.

Os indgenas que habitavam a baa de Todos os Santos a denominavam por Cururupebas. Colonizada por jesutas, recebeu o topnimo de ilha de Madre de Deus do Boqueiro. Em 1584, foi arrendada a lavradores, o que provocou o desenvolvimento do local.
Municpio criado por Lei Estadual de 13.06.1989, desmembrado de Salvador, com a denominao de Madre de Deus.

A sede, formada distrito em 1947, foi elevada categoria de cidade quando da criao do municpio. O municpio composto ainda pelas ilhas de Maria Guarda, Vacas e a Coroa do Capeta, alm da ilha de Madre de Deus propriamente dita, hoje ligada ao continente atravs de uma ponte. A sede do municpio foi, por muito tempo, freqentada por veranistas. Da arquitetura civil destacam-se duas as casas no alto da Matriz e, na praia do Suape, a Casa dos Dois Lees e a de Antnio Balbino, ex-governador da Bahia, todas da segunda metade do sculo XIX, assim como a igreja Matriz de Nossa Senhora de Madre de Deus. Caminhando pelas ruas da cidade encontram-se as fontes do Jau, Ouricuri, Dend e da Quitria. O Porto do Mirim conta com 26 barcos que fazem travessia regular para as outras ilhas e tambm podem ser alugados para eios.