Praia de Itamambuca - Foto: Christiane Evelyn Bieri(Licena-cc-by-sa-30)

No sculo XVI, Ubatuba fazia parte de uma regio litornea maior ocupada pelos ndios tupinambs. A primeira possvel referncia ao local aparece na obra de Hans Staden, que permaneceu cativo numa aldeia chamada Uwatibi em Angra dos Reis, a qual tinha o mesmo nome do local da atual cidade de Ubatuba, stio em que os ndios tupinambs se reuniam com muitas canoas para expedies de guerra contra os tupiniquins e os portugueses em Burikioca (Bertioga) e Upau-Nema (So Vicente). 5s3l4z

Tanto Hans Staden quanto outros autores europeus da poca mencionam que o chefe supremo dos tupinambs era Cunhambebe e que seu territrio se estendia desde o Rio Juqueriquer, em Caraguatatuba, at o Cabo de So Tom, no leste do estado do Rio de Janeiro, abrangendo tambm todo o territrio ao longo do Rio Paraba do Sul. Apenas dcadas mais tarde, nos relatos de Jos de Anchieta, que encontramos meno aldeia de Iperoig, que pode significar 'rio do tubaro' ou 'rio das perobas'.

Os ndios tupinambs sofreram primeiro o impacto dos portugueses, uma vez que foram escravizados para os engenhos de cana-de-acar em So Vicente. Isso motivou uma firme aliana dos tupinambs com os ses da Frana Antrtica, que ocuparam a regio da baa de Guanabara. Essa aliana, liderada por Cunhambebe, ficou conhecida como Confederao dos Tamoios. Em 1563, Jos de Anchieta partiu com Manuel da Nbrega de So Vicente para a aldeia de Iperoig, com o objetivo de pacificar os tupinambs. Anchieta permaneceu refm durante vrios meses em Iperoig, enquanto Manuel da Nbrega voltou a So Vicente acompanhado de Cunhambebe para acertar o tratado de paz conhecido como Paz de Iperoig.

Enquanto os remanescentes tupinambs da Guanabara e de Cabo Frio se embrenharam mata adentro, abrindo espao para a fundao do Rio de Janeiro, a populao da regio de Iperoig, em sua maioria, permaneceu em seus locais. Com o objetivo de assegurar a posse portuguesa da colnia, o ento governador-geral empreendeu um esforo para colonizar a rea. Assim, em 28 de outubro de 1637, a Aldeia de Iperoig foi elevada a vila, com o nome de Vila Nova da Exaltao Santa Cruz do Salvador de Ubatuba, subordinada sesso norte da Capitania de Itanham.

Ao longo do sculo XVIII, a produo agrcola cresceu e a Baa de Ubatuba se transformou no mais movimentado porto da Capitania de So Vicente. Em 1789, entretanto, o governo de Lorena determinou que toda exportao s poderia ser feita pelo Porto de Santos, o que levou primeira decadncia econmica de Ubatuba. O governador seguinte, Melo de Castro e Mendona, concedeu novamente o direito ao livre comrcio da vila.